Molekulární destilaceje speciální separační technologie kapalina-kapalina, která se liší od tradiční destilace, která je založena na principu separace rozdílu bodu varu. Jedná se o proces destilace a čištění materiálu citlivého na teplo nebo materiálu s vysokým bodem varu s využitím rozdílu ve volné dráze pohybu molekul ve vysokém vakuu. Používá se hlavně v chemickém, farmaceutickém, petrochemickém, koření, plastech a oleji a dalších průmyslových oborech.
Materiál je převáděn z plnicí nádoby do hlavní destilační opláštěné odparky. Prostřednictvím rotace rotoru a nepřetržitého ohřevu je materiálová kapalina seškrabována do extrémně tenkého, turbulentního kapalinového filmu a tlačena dolů ve tvaru spirály. V procesu sestupu se lehčí materiál (s nízkým bodem varu) v kapalině materiálu začne vypařovat, přesunout se do vnitřního kondenzátoru a stát se kapalinou, která proudí dolů do baňky pro příjem lehké fáze. Těžší materiály (jako chlorofyl, soli, cukry, vosk atd.) se neodpařují, ale proudí podél vnitřní stěny hlavního výparníku do baňky pro příjem těžké fáze.